Prototype - это игра про то, как однажды парню по имени Алекс Мерсер не повезло, и он очнулся в морге. На улицах Манхэттена бушуют вирусы, зараженные дерутся с армией, а молодой парень с ужасающей силой, и вдобавок страдающей амнезией, ничего не понимает - как, что, почему? Алекс решается на смелый шаг - используя свою силу, он хочет вспомнить все, что с ним произошло.
Для этого у Алекса есть все средства - гигантские колья из земли, руки-петли, перемалывающие врагов в кровавый фарш, а так же способность принимать облик любого существа, с которым он встретился. Его цель известна только ему одному, однако скоро о ней узнает весь Манхэттен.